古文書『江戸記聞』によれば、普賢寺は文明元年(1469)江戸本所隅田川、厩橋の川岸に良圓僧正によって開創されました。当時は浅草寺に属し、本所中之郷第六天の別当寺であり、境内には歌舞伎傳助所持の地蔵尊や渋沢栄一氏らが師事した儒学者 海保漁村 の碑等がありました。

寺は安政の大地震(1855)により崩壊してしまいましたが、数年後に再建されました。しかし、大正12年(1923)の関東大震災で再度火災により焼失しました。想像を絶する猛火のため、ご本尊、過去帳の一部を持ち出し、当時の寺族は川に飛び込むのが精一杯という状況であり、寺歴等もその時に焼失してしまい、詳細は定かではありません。

　大正13年(1924)、第40世 常明の代に都市計画の打診を受けて、北多摩郡多磨村（現在地）に移り、草庵を結び今日に至っております。

昭和35年には、念願の本堂を再建しました。その後、平成元年 第41世常正代に雨漏りがひどくなった本堂屋根瓦を銅板葺きに改修、平成２年に参道及び塀の改修、平成７年に築後70年を経て老朽化甚だしかった庫裡も、檀信徒皆様のご協力によりまして、客殿庫裡として落慶いたしました。

現在、本所時代のものとして現存するのは、類焼を免れた本尊、過去帳、境内に改葬された海保漁村（幕末の儒学者）のお墓がございます。